Medzi hlavné prevádzkové metódy povinnej leteckej nákladnej dopravy patria: pravidelné lety, charterové lety, konsolidované zásielky; expresná letecká preprava, dobierka a iné spôsoby leteckej dopravy.
1. Pravidelné lety sa vzťahujú na lietadlá, ktoré lietajú na pravidelných letových poriadkoch, trasách a pevných odletových, tranzitných a cieľových staniciach. Ich najväčšou výhodou je možnosť presne kontrolovať časy odchodov a príletov.
2. Charterové lety sa týkajú leteckých spoločností alebo charterových agentov, ktorí prenajímajú celé lietadlo alebo časť jeho nákladného priestoru prenajímateľovi podľa vopred{1}}dohodnutých podmienok a sadzieb, pričom prepravujú tovar z jedného alebo viacerých letísk do určeného miesta určenia. Vo všeobecnosti sú charterové lety lacnejšie ako pravidelné lety, ale majú menší prevádzkový rozsah.
3. Konsolidované zásielky označujú letecké špedičné spoločnosti, ktoré spájajú niekoľko jednotlivo zasielaných malých zásielok do jednej zásielky a spájajú ich s leteckou spoločnosťou. Vyplní sa jeden hlavný letecký nákladný list a odošle sa na rovnakú cieľovú stanicu, kde letecká špedičná spoločnosť poverí miestneho zástupcu, aby prijal a distribuoval tovar skutočnému príjemcovi. Najväčšou výhodou tejto metódy je, že dokáže zabezpečiť nižšie prepravné sadzby ako v prípade malých-objemov zásielok a odosielateľovi sa zmenšuje náročnosť samostatnej manipulácie so zásielkami.
4. Air Express/Urban Express. Tento spôsob je vhodný najmä na rýchlu prepravu malých predmetov, ako sú urgentne potrebný tovar, zdravotnícke vybavenie, cennosti, kresby, kľúčové komponenty, vzorky a dokumenty, čím spĺňa potreby dnešnej rýchlo-spoločnosti.
5. Na dobierku. Tento spôsob zahŕňa dohodu medzi odosielateľom alebo jeho zástupcom a prepravcom. Po príchode na miesto určenia a doručení príjemcovi dopravca zinkasuje v mene odosielateľa alebo jeho zástupcu hodnotu prepravného zaznamenanú na leteckom nákladnom liste a potom odošle platbu odosielateľovi alebo jeho zástupcovi. Leteckú prepravu, poplatky za deklarovanú hodnotu a všetky manipulačné poplatky hradí odosielateľ vopred alebo ich môže zaplatiť príjemca v mieste určenia.
6. Nevyhnutným trendom je využívanie kontajnerovej dopravy v leteckej doprave. Kvôli špeciálnemu tvaru nákladných priestorov lietadiel sa však okrem štandardných kontajnerov používaných v nákladných priestoroch veľkých lietadiel bežne používajú aj neštandardné kontajnery rôznych veľkostí, objemov a tvarov. Hlavným účelom použitia kontajnerov na prepravu je zlepšiť efektivitu prepravy, ušetriť na balení a uľahčiť obrat.
